1937年7月7日，抗日战争爆发。129师386旅新1团团长李云龙，率部凭借过硬的战术战法，越战越勇，让敌人闻风丧胆。在与日本坂田联队的交战中，成功从正面突围并干掉了坂田。同时国民党晋绥军358团团长楚云飞，也注意到了这个非同凡响的李云龙。因李云龙抗命，上级决定让准备去延安学习的28团团长丁伟代替李云龙的原职。而调李云龙去后方做被服厂厂长。日军派出战斗小分队突袭了独立团，因团长孔捷指挥不利致使全团损失惨重，总部首长不得不再次抽调还背着处分的李云龙去独立团任职。

李云龙接到命令，带着被服厂的200套棉服来到386旅独立团。在路上原团长孔捷向李云龙介绍战情，并指出这次鬼子的打法较以往有所不同，他们三人一组弹无虚发，还专门照人头上打。李云龙了解情况后，任命其为副团长。在两人的努力下，旅长喝下孔捷奉上的酒。败军而后勇，全团将士士气大振。日军利用中国俘虏进行训练，在少林寺练过功夫的魏大勇请战，出手不凡，徒手干掉鬼子军官，夺枪并带领众俘虏逃离。组织上派了赵刚做独立团政委，赵刚在归团路上搭救了刚刚逃出虎口的魏和尚魏大勇。魏大勇向李云龙提供了鬼子利用战俘进行徒手杀人训练的情报后，受李云龙邀请留在军中。

根据丁伟的暗示，李云龙找到了国民军骑兵营，并派孔捷带领一营去万家镇偷袭。赵政委也慢慢开始理解李云龙的行为。随着骑兵精锐连长孙得胜的到来，骑兵连开始训练并初见规模。1940年日军增援部队挺进晋察冀，抗日开始了第二阶段的作战。日军华北派遣区大队长山崎冶平在一次部队行进中偏离了预定行进方向，偶然发现了我军兵工厂。我军损失惨重，总部发出命令包围消灭长崎大队。并最终派出了386旅独立团。

李云龙带领部队，施行土工作业的方式向前挖战壕，依托掩体工事投掷手榴弹，打得长崎部队阵脚大乱。李云龙从新一团带来的得力助手张大彪带领突击队趁机挺进，刀枪混战山崎大队全军覆没。骑兵连伤亡13人，让李云龙心痛不已。日军驻山西第一军司令莜冢义男身后两员大将都败在李云龙手下，这使其不敢小看李云龙这个人。李云龙在赵政委的帮助下开始学习文化知识，并带领战士们进行一对一的实战训练。

李云龙炖了一大锅肉作为奖励，在全团找出武功过硬的战士组成加强排。日寇军也受到宫野参谋长的命令，对特种部队的训练越发重视。二战区国民党团长楚云飞奉命作为友军，来独立团学习交流。楚云飞赠枪给李云龙，面结同心。李云龙通过调查得知白家村的官兵和鬼子有勾结，遂决定以征面为名钓大鱼上钩。狡猾的山本却恐其中有诈不敢轻举妄动，在谈论军事的过程中，李、赵二人和楚消除了隔阂。此时张大彪来报说白家村面粉已经筹到，总部发现日军9旅向前行进，加紧派人调查到底是什么刺激了他们？

次日，正打算出发的李云龙收到总部来电。赵参谋早已在第一时间把李云龙的决策报告了上级，上级掌握到敌军情况有变。立即下令取消了计划，并派独立团保证总部安全，李云龙又私自率一营留守。留守后的突然袭击打破了日军的计划，在进攻总部的途中日军观摩团部队全军覆没，而保卫总部的赵刚二营却受到了日军特种部队的强劲围困。副总指挥不得不撤离本部，最终赵参谋胜利完成了任务。

1942年，日本侵华总司令冈村宁次对晋中进行了残酷的大扫荡。驻晋第一军司令官（筱冢义男）奉命制定了针对性极强的A号作战计划，八路军部队损失惨重。之后，八路军制定了与民兵相结合的战略，开展了麻雀战、地雷战、地道战等战术与之周旋。李云龙的部队也在战斗中损失惨重，骑兵连在最后的对决中，在没有子弹的情形下用刺刀战斗，到最后一刻。独立团也只剩下了不到一个连的人手，在辛庄和鬼子进行了最后的防御战。敌人的嗅觉越发灵敏，直逼总部。八路军副参谋长左权在指挥机关与部队突围时壮烈牺牲。

李云龙的部队和鬼子玩起了“挑帘战”，为了防止敌人的炮轰，不得不先把鬼子放进村里再在晚间兵分两路进行突围。突围过程，中李云龙生病，打起了摆子。路上李云龙一行碰到了日军扫荡村庄，为了掩护老百姓李云龙下令开枪以吸引敌人兵力。百姓顺利撤退后，重病在身的李团长执意要留下掩护，大家情急之下魏大勇打昏李背其转移。日军发现后欲活捉两人，魏大勇把李云龙拖至村中一空房中隐妥。赵刚带领部队俘虏了一批驻守伪军，乔装成伪军的赵刚部队顺利与赵家峪村民兵会合。在妇卫会主任杨秀琴同志的帮助下，按预定路线回返寻找李云龙。紧急关头赵政委及时赶到，打散日军包围圈。

独立团在赵家峪伤亡过半，李云龙病倒，赵刚主持工作。为救李云龙的命和尚魏大勇甚至动粗让郎中治病。李云龙的内心因为战事忧心忡忡，独立团为掩护百姓第一次出现了这种状况，日军也在此时商讨方案准备第二次反击。他们的目标锁定在独立团，并命专人研究李云龙这个让他们头疼的人物。李云龙改变战略决定搞游击战，他们的行动也得到了妇救会长秀芹的帮助。而李云龙也在一次打赌中输给了秀芹一支枪，这支枪日后还真救了秀芹一条命。

秀芹缴获日本王八盒子和德国净面匣子（毛瑟军用手枪）各一枝交给李云龙，日军抓到朱子明，在凌迟逼供手段的恐吓下，他招供出自己的身份。钱伯钧与郑谦一两人的见面，颇有些意味。平田一郎特使的身份让郑谦一使出浑身节数拉拢钱等人加入日军的战营、日军采取步步蚕食的作战方式进军，而钱伯钧的队伍却出现了异常。楚云飞火气冲天，决定去探一探钱伯钧是否反水。而钱的反水迹象也传到了李云龙的耳里，钱伯钧最终还是道出心意，决定拉出队伍反水。楚云飞不理解他的心意，而钱却有自己的一套道理。全部钱的队伍以枪要挟楚，就在此时李云龙收到警报，钱已动手。李云龙意识到楚有危险。他迅速部署准备战斗，战斗自然全胜，楚决定自己收拾钱伯钧，清理门户，收回面子。另一面秀芹再次找到李云龙，让他给妇救会讲课。两个人拉拉扯扯让李云龙更加为难。

山本在向筱冢义男汇报战况时，指出：楚云飞的战略思想不容忽视，另外楚云飞这个人，也值得关注。因为他是一个不会消极避战只会主动出击的职业军人。深夜秀芹主动找到李云龙，并向其表白心声并让李云龙娶她当婆娘。李云龙嘴上说等抗战胜利后再说，可还是忍不住拥抱了秀芹，山本致电莜冢义男，说自己已对赵家峪村周边各部的地形及防御能力进行了侦查,并准备等待时机突袭赵家峪。李云龙和魏大勇化妆成商人，进城密会楚云飞。在城中偶遇功夫不俗的段鹏，并将其招至部下。李、楚二人在茶楼会面会面时，楚云飞欲讨回李云龙在李家镇兵变时趁机收缴的装备，遭到李云龙的拒绝。面对李云龙的赖帐，楚云飞亦感无奈。李、楚二人几乎同时得到情报，宪兵队长平田一郎是夜要在聚仙楼摆酒为自己祝寿。面对此情报，二人一拍即合，遂赶去赴会并联手将平田一郎及赴会的日军军官全部击毙。

剧照李云龙赴会的情形在赴宴当晚被摄影师无意拍了下来，这让一直不知李云龙何许模样的莜冢义男很是高兴。他在见到李云龙照片之后评价说：李云龙，虽然不过是一个不成熟的民族主义者，但是如果这样一个人出现在合适的场合，便会惹出大乱子。李云龙深夜查哨路遇，早已在村口等候的秀芹要李云龙尽快娶她，可李云龙坚持要等抗战胜利后再说。秀芹一气之下找到政委。赵刚答应为秀芹做主并亲自找到李云龙，并要求李云龙尽快与秀芹完婚。正当全团上下为团长李云龙的婚礼忙得热火朝天的时候山本特种作战小分队出发了。

李云龙和杨秀芹在村里成婚，战士们都来助兴。日军山本的特种部队也恰在这个时候决断进行突袭。朱干事暗中给敌军透露了此情报，日军觉得这恰是个进攻好机会。李云龙的责任心让他在新婚之夜也没忘了查哨，在查床的发过程中现朱干事连人带枪出走以后引起李的警觉紧急集合，两军交火日寇抓走了家中的秀芹，并焚村，李云龙拖着受伤的赵政委和仅存的八名战士突围离开山本部队，来到将军岭遇楚云飞部队。楚奋勇出击，山本提出和谈。在双方僵持的时候残余力量趁机逃跑至平安城。李云龙得到消息，命各营队迅速集合。汇合后的各个营扩展力量已接近万人。

李云龙指挥部队准备解放县城并救出自己的老婆。山本部队向莜冢义男求援。新1团也得到情报决定放过敌人小批骑兵，阻截日军步兵，大力支援李云龙的解放县城战役。楚云飞的358团也发现了日军部队的变化，同样决定增援。阻击拖延了时间，间接支援了李云龙部队的攻击。随着平安镇外围的高地失手，增援的部队也把日本援军挡在了路上。县城即将失守，山本想利用抓来的秀芹做文章，试图和李云龙谈条件。为减少部队人员伤亡，李云龙仍旧选择了牺牲秀芹，并向着城墙上开了炮。

李云龙安葬了新婚妻子，总部对这次战果颇丰的战役给予了很高的评价。在旅长的工作室李受到上级指令，未经请示进行战斗与战斗的成绩功过相抵。李云龙去探望养伤的赵刚，偶遇医务室的护士小郑。赵刚一方面对李云龙的战斗胜利表示喜悦，同时也对自己如果在场的后果流露出一丝担忧。楚云飞将两个营的兵力驻守在李云龙团部所在地——大孤镇，此举激怒了李云龙。李云龙亲自登门楚府，要与楚云飞理论理论。

楚、李二人在此问题上未能达成协议。楚云飞的运输队在运输粮食衣被途中遭到黑云寨土匪谢宝庆一伙的围截，回城途中巧遇孔捷骑兵，孔捷替其夺回了物资。李云龙请新一团和新二团团长一起喝酒，饭桌上提出三团统一调配的方案，并要孔捷先不要还前日的被劫物资，还派八路军驻营中央军营地对面，目的是抵挡住楚云飞的大孤镇双营，为日后的国内战争作准备。楚双营开始慌了手脚。楚云飞想带领部队攻打黑云寨，李云龙得到消息后设路卡阻挡楚友军的粮草路线。孔捷也向前来索要当日被扣物资的358团参谋解释此物资被李云龙截走，被逼无奈的楚云飞笑言这次自己失算。

楚云飞找到李云龙要把大孤镇的三个营撤掉，李云龙装作不知情，张大彪解释这是师部要求的军事演习，李也假意要先与上级汇报。楚云飞的部队粮草皆断，不得不提出先撤兵。楚云飞围剿谢宝庆的事情被新二团孔捷知道，孔捷找到楚云飞提出收编黑云寨，楚云飞再次收剑回鞘。和尚陪新兵段鹏回家看望重病的母亲，在青云镇遇到日伪路卡。两人将枪藏在老鸦窝里，不曾想通关时因为身强力壮被伪军抓去给日军修炮楼。两人在工地上假意打架，引来看守的5名日本士兵，并将其干掉，其后与赶来援助的其他日本兵展开了枪战。紧要关头独立团派来的战士将两人救出。孔捷与谢宝庆谈妥收编事宜。楚云飞进驻安化城。和尚在送信途中遇到谢宝庆一伙劫财，和尚出手自救杀死了几个匪徒，被后来赶到的二当家山猫身后偷袭，惨死黑云寨。李云龙得知不由孔捷劝说，带领一个营围剿黑云寨，寨主谢宝庆逃跑，李挥刀让二当家偿命。养伤归来的赵刚没能来得及阻止李云龙。

因为砍死二当家的事情，李云龙被降为一营营长，团长职务由赵刚代理，记大过处分一次。楚云飞缴了区小队的械，发请柬邀请李云龙，言明非李至不还。赵刚反对李前往，认为这是鸿门宴，两人起争执。楚云飞的确接到上级指令除掉李云龙，楚云飞痛下决心，将个人情感让位于政治。李云龙赴宴，楚云飞提出收编李云龙来楚部队，做副师长，并提出取消安化共产党的边区政府，遭李云龙的婉言谢绝。席上一番话李云龙吐露自己是缠了一身炸药来赴宴的，让楚云飞不得不撤下了事先安排好的兵队，送李云龙打道回府。

日本宣布无条件投降，石川少佐在马关据点的部队接到命令，缴械给中央军。八路军386旅李云龙的独立团抢了准备接受缴械的中央军衣服和装备，抢先接受了缴械，楚云飞的部队扑了空。两支部队因此激战一夜，均伤亡惨重。几天后楚云飞部队某营正在接受伪军投降时，再次遭到八路军的包围，国军伪军一起缴了械。其后内战爆发，作为华野某纵队2师师长的李云龙请示调动中野的赵刚来2师作政委。李云龙的部队再次和楚云飞的89师交锋。李云龙带领突击小分队直缴楚云飞指挥部，楚先一步逃离。俘虏的敌人中找不出高层将领，李云龙便让俘虏进行5公里长跑，不久大鱼们就纷纷落网。上级派遣赵刚去政治部，李云龙为了留下赵刚，假意冲动，激将法并没挽留住赵刚。李云龙将俘虏来的军乐队送给赵刚当礼物。司令下令李云龙抢占赵庄，李与楚两冤家再聚头赵庄。

李云龙和具备优良美式装备的楚云飞在徐蚌会战中过招，双方都损失惨重。李云龙派侦察兵夜闯楚军炮兵阵地，摧毁国军的榴弹炮阵地，破坏八枚榴弹炮，俘虏一名炮兵参谋。楚云飞的炮兵参谋被李云龙次日释放，临行前让其捎张战略地图回楚师。炮兵团到位，司令部决定用炮兵阵营换下李云龙的二师。随着援兵的到来，楚云飞的部队节节败退，阵地失守。李云龙找到赵刚，希望赵刚把俘虏军借自己补充兵力，赵刚应允。楚云飞看到参谋带回的地图，形势对己极其不利，迁怒于被俘虏的于参谋，将其枪毙。在歼灭黄百韬的战斗中，李云龙又突发奇想，没有按照既定战略计划，反转部队前行方向直捣楚部队后腰。